Jatkokoulutus FM-tutkinnon jälkeen merkitsee filosofian lisensiaatin (FL) tutkintoa tai filosofian tohtorin (FT) tutkintoa. Tavallisempaa on että jatko-opiskelijat tähtäävät suoraan tohtorin tutkintoon.

Huomattava osa valmistuneista biokemian maistereista jatkaa opiskeluaan kohti ylempää tutkintoa, joko FM-tutkinnon suuntautumislinjalla, toisella linjalla tai toisessa yliopistossa. Opiskelijalta, jolla oli FM-tutkinnossaan muu pääaine kuin biokemia, vaaditaan yleensä biokemian lisäopintoja ennen kuin opiskelija voi jatkaa biokemian FL- tai FT-tutkintoon. Vastaavalla tavalla voi biokemian FM-tutkinnon suorittanut opiskelija jatkaa opiskelujaan toisessa tieteenalassa.

FL-tutkinnon laajuus on 120 opintopistettä ja FT-tutkinnon 240 op. FT tutkinnon voi suorittaa ilman FL-tutkintoa.