Tiedekunnat järjestävät perustutkintokoulutuksen lisäksi oman alansa tieteellistä jatkokoulutusta tai tutkijankoulutusta, kuten sitä myös kutsutaan. Luonnontieteellisen alan jatkotutkintoja ovat filosofian lisensiaatin (FL) ja filosofian tohtorin tutkinto (FT).

Jatkokoulutuksen tavoitteena on, että opiskelija:

1. perehtyy syvällisesti omaan tutkimusalaansa ja sen yhteiskunnalliseen merkitykseen sekä saavuttaa valmiudet tutkimusalansa piirissä itsenäisesti ja kriittisesti soveltaa tieteellisen tutkimuksen menetelmiä ja luoda uutta tieteellistä tietoa;
2. perehtyy hyvin oman alansa kehitykseen, perusongelmiin ja tutkimusmenetelmiin; sekä
3. saavuttaa sellaisen yleisen tieteenteorian ja tutkimusalaansa liittyvien muiden tieteenalojen tuntemuksen, joka mahdollistaa niiden kehityksen seuraamisen. (Asetus yliopistotutkinnoista794/2004)

Yliopistolain mukaan kelpoinen opiskelijaksi tieteelliseen tai ammatilliseen jatkotutkintoon johtaviin opintoihin on henkilö, joka on suorittanut soveltuvan ylemmän korkeakoulututkinnon, ulkomaisen koulutuksen, joka asianomaisessa maassa antaa kelpoisuuden vastaaviin korkeakouluopintoihin, tai jolla yliopisto toteaa muutoin olevan opintoja varten riittävät tiedot ja valmiudet. (Yliopistolaki 645/27.6.1997)

Tutkijankoulutuksen järjestämistä varten tietyn alan tutkijat ovat perustaneet yksin tai yhdessä muiden saman alan tai lähialojen tutkijoiden ja laitosten kanssa tutkijakouluja. Tutkijakoulujen toimintaa rahoittaa opetusministeriö. Tutkijankoulupaikat ovat aina julkisesti haettavina. Tutkijankoulutusta voidaan järjestää myös tutkijakoulujen ulkopuolella, ts. kaikki jatko-opiskelijat eivät välttämättä kuulu mihinkään tutkijakouluun. Tällöin jatko-opintojen rahoitusta on haettava säätiöiltä tai muista tutkimusta rahoittavista lähteistä.